4번째 항해에서 병에 걸린 콜럼버스는 1506년 5월 20일, 스페인의 바야돌리드에서 사망하여 매장되었다고 하나 정확한 위치는 지금까지 아무도 알지 못한다.

그리고 콜럼버스가 사망하고 나서 3년 뒤 스페인 남부도시 세비야의 가족묘지로 이장되었다가 1544년 죽어서도 스페인 땅을 밟지 않겠다던 그의 유언에 따라 도미니카 공화국의 수도 산토도밍고 성당에 안치되었으며 1795년에는 쿠바의 아바나로 이전되었다가 1898년이 되어서야 스페인의 세비야 대성당으로 옮겨졌다.

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그리고 2005년 그라나다대학의 연구팀이 유골에서 채취한 DNA를 통해 콜럼버스의 시신임을 확인하였으며 2022년에는 마드리드 국립해군박물관에서 콜럼버스의 첫 번째 매장지는 바야돌리드에 있었으나 지금은 존재하지 않는 샌프란시스코 수도원(San Francisco convent)이었다고 발표했다.

샌프란시스코 수도원은 현재 마요르광장이라고 불리는 곳에 있었다고 하는데 사진으로 보는 마요르광장의 아름다움은 실제로는 지독한 담배냄새와 지린내로 얼굴을 찌푸렸던 장소로 기억되고 있다.

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세비야 대성당 안에는 당시 스페인을 구성하고 있던 레온, 카스티야, 나바라, 아라곤의 4국왕이 콜럼버스의 관을 들고 있는 모습을 볼 수 있지만 2005년 DNA를 조사했던 그라나다대학에 의하면 콜럼버스의 유골은 일부가 산토도밍고에 남아있을 가능성도 있다고 한다.

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그러나 도미니카공화국은 산토도밍고의 콜럼버스 등대에 있는 콜럼버스의 유골이 진짜라는 주장을 하고 있으나 DNA조사에는 응하지 않고 있어서 무덤의 진위여부에 대한 논란은 앞으로도 계속될 것으로 보인다.

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